休日の振替とは、本来の休日と労働日を入れ替えることをいいます。例えば、日曜日を休日と定めている場合に、あらかじめ、ある日曜日とその4日後の木曜日（本来の労働日）を入れ替えて、日曜日を労働日、木曜日を休日とすることをいいます。休日の振替があった場合には、日曜日の労働は所定労働日の労働となりますので、休日労働の3割5分増しの割増賃金を支払う必要がありません。

ただし、休日を労働日としたことによって、その週の労働時間が法定労働時間である40時間を超過してしまった場合には、その超過分の時間外労働に係る割増賃金の支払いは必要となります。

休日の振替を行うためには、就業規則に休日を振り替えることのできる旨の定めがあり、事前に振替の対象となる休日と新たに休日となる日（振替休日）を定める必要があります。

 一方、代休とは、事前に振替という手続きをとらずに休日労働を行わせた場合において、その後に代償として与える休日のことをいいます。代休を与えても既に休日労働は行われていますので、休日労働の割増賃金の支払いは必要となります。

代休の取得日が休日労働を行った日の属する賃金計算期間と同一であり、代休制度が確立・定着している場合には、休日労働の割増賃金部分（0.35）のみを支払うことも問題ないとされています。しかし、代休の取得日が翌賃金計算期間以降になる場合には、いったん割増賃金を含めた賃金の全額（1.35）を支払い、代休を取得した時点で1日分の賃金控除をすることとなります。